La Contraloría Municipal de Pereira fue creada mediante Acuerdo número 02 de diciembre de 1956, expedido por el Consejo Administrativo Municipal, posteriormente la misma entidad edilicia mediante el Acuerdo número 10 de enero de 1957, estructura orgánicamente la Contraloría Municipal. El primer Contralor Municipal nombrado mediante acto administrativo fue Don Luciano Velasco.
En el transcurso de estos 60 años, la entidad ha registrado varias modificaciones estructurales y administrativas tendientes a brindar siempre un mejor servicio a los sujetos de control en el cumplimiento de nuestra labor fiscalizadora, algunas de ellas en la aplicación de leyes y normas que con el pasar del tiempo se han ido derogando para darle paso a los nuevos estilos de control.
Entre las reformas de mayor incidencia y que a la postre ocasionó un vuelco total de la manera de realizar el Control Fiscal, se tiene la presentada en la Constitución de 1991 y que posteriormente éstas son desarrolladas con la expedición de la Ley 42 de 1993. Uno de los conceptos más relevantes lo constituye el hecho de modificar el estilo de cumplir la misión de la entidad al pasar de control previo y perceptivo a un control posterior y selectivo. Para esta entidad los ajustes se cumplen mediante los Acuerdos número 90 de 1992 y número 58 de 1993.
Otro de gran de gran trascendencia institucional fue el presentado en el año 2001, en cumplimiento de la Ley 617 de 2000 “Ley de Ajuste Fiscal”; en dicha vigencia el acomodamiento de la entidad para lograr estar dentro de los limites de gastos que establece la Ley, ocasiona una reestructuración administrativa con incidencia directa sobre el personal, al pasar de 102 funcionarios a 59. Sin embargo, durante el período 2001- 2003, la planta de personal no fue cubierta en su totalidad por el desequilibrio financiero que se presentaba anualmente. En el año 2004 el Concejo Municipal de Pereira, mediante los acuerdos No. 58, 59 y 60, aprueba una nueva estructura para la entidad y en la actualidad la planta de personal es de 46 funcionarios.
